保津川には世界中でもここと岡山県でしか確認されていない国の天然記念物「アユモドキ」をはじめ、確認されているだけでも53種類の魚が生息しています。日本最大の湖である琵琶湖にすむ魚が約60種類であることからも、保津川の生態系がいかに豊かなものであるかがわかります。そのほかにも、昆虫や鳥類、植物などの希少種も数多く見られる、保津川はまさに水生生物の宝庫です。また、最近では大阪湾から遡上してくる天然のアユやウナギ、サツキマスの復活を目指す取り組みも始まっています。